Der Schutz des Trinkwassers wird bereits bei der Planung eines Windenergieprojekts berücksichtigt. Liegt ein Vorhaben in einem Wasserschutzgebiet oder in dessen Nähe, gelten besondere Anforderungen. Je nach Schutzzone wird geprüft, ob der Bau zulässig ist und welche Schutzmaßnahmen umgesetzt werden müssen.
Während der Bauphase müssen unter anderem wassergefährdende Stoffe wie Kraft- oder Schmierstoffe besonders gesichert werden. Auch der Umgang mit Boden, Baugruben und Niederschlagswasser unterliegt strengen Vorgaben. Ziel ist es, Beeinträchtigungen des Grundwassers zu vermeiden. Die zuständigen Wasserbehörden prüfen diese Anforderungen im Genehmigungsverfahren und legen, falls erforderlich, zusätzliche Schutzmaßnahmen fest.