Wie auch andere hohe Objekte verfügen Windenergieanlagen über einen Blitzableiter. Dieser ist jedoch deutlich komplexer als beispielsweise bei einem Kirchturm. Daher spricht man auch von einem Blitzschutzsystem. Durch ein Blitzschutzsystem wird sichergestellt, dass der Blitz sicher von den Blitzrezeptoren der Rotorblätter „eingefangen“ wird und zum Erdungssystem unterhalb des Turmes abgeleitet wird. Außerdem beseitigt es die durch Blitzschlag verursachten magnetischen und elektrischen Induktionsfelder. So werden Schäden an mechanischen Komponenten, Elektrik und Steuerungen verhindert bzw. möglichst gering zu halten. An allen Windenergieanlagen werden Blitzschutzsysteme verbaut, denn die Rotorblätter der Windenergieanlagen bestehen überwiegend aus Kohlefaserverbundstoffen. Dieser besonders leichte Werkstoff, verfügt aber über eine sehr schlechte elektrische Leitfähigkeit. Ohne Blitzschutz kann die Energie eines Blitzes daher schlecht in den Boden abfließen. Die Anlage würde so also großen Schaden nehmen.